Pertanian identik dengan ilmu terapan yang secara otomatis mahasiswa harus lebih mengedapankan kegiatan praktikum/lapangan. Fakultas Pertanian Universitas Muhammadiyah Sidoarjo memiliki 4 laboratorium yakni mikrobiologi, analisa pangan, pengembangan produk, dan agrokompleks. Hampir disetiap mata kuliah mahasiswa/i harus mengadakan praktikum. Dengan beberapa fasilitas penunjang diharapkan kegiatan akademik fakultas pertanian dapat berjalan dengan lancar.